簡易課税制度は、業種によって以下の５段階でみなし仕入率が定められています。売上の形態が、複数の業種にわたっている場合は、売上を区分しない場合は、主な業種区分により、みなし仕入率を適用します。
| 業 種 目 | みなし仕入れ率 | |
| 第一種 | 卸売業 | ９０％ |
| 第二種 | 小売業 | ８０％ |
| 第三種 | 建設業、製造業、農林漁業等 | ７０％ |
| 第四種 | 他のどの業種にも区分されない事業 例えば、飲食店、金融保険業 |
６０％ |
| 第五種 | 不動産業、通信運輸業、サービス業 | ５０％ |
この業種ごとに売上を区分すると、節税になる場合があります。
具体的には、サービス業は５種でみなし仕入れ率は５０％となっていますが、お客に対し物品を販売する場合には、この物品の販売は小売業となり、みなし仕入れ率が８０％となります。
つまり、みなし仕入率の差によって、仕入税額控除を増やすことができ、その分節税となります。
※平成26年度税制改正では、従来の5種類の事業区分から、6種類の事業区分に変更しました。従来は、第四種とされていた金融業および保険業を第五種事業（みなし仕入率50％）とし、従来は第五種事業とされていた不動産業を第六種事業（みなし仕入率40％）と分類することになります。
なお、簡易課税制度のみなし仕入率の改正は、平成27年4月1日以降に開始する課税期間について適用されることになります。
第２業種と、第５業種の２種類の業種を扱っている場合は、５０％と８０％の差が節税できます。具体的に例示すると次のようになり、１８万円の節税となります。
| 例） | 年商4320万円のHP情報提供の場合（税込経理） | |||||||||||||||||||||||||
| 広告・情報提供売上 | ・・・3240万円 | |||||||||||||||||||||||||
| HPでの化粧品の小売売上 | ・・・540万円 | |||||||||||||||||||||||||
| HPでの化粧品の卸売上 | ・・・540万円 | |||||||||||||||||||||||||
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| （注） | ２種類以上の事業を営む場合の控除対象仕入税額計算の特例により算出 | |||||||||||||||||||||||||
簡易課税は基準年度の売上が５，０００万円以下でないと適用はできませんが、簡易課税が必ずしも有利であるとは限りません。
設備投資など、課税仕入額が増加する見込みの事業年度に関しては、簡易課税では、課税売上だけが計算の対象となるため考慮されませんが、原則課税の場合は、その仕入税額が税計算に反映されることにより納付税額が減少します。
決算時には簡易課税の場合と原則課税の場合を比較し、原則課税が有利と出たならば、簡易課税を取りやめることも検討すべきです。
| 例） | 不動産会社で設備投資した場合（課税売上割合は100%とする。） | |||||||||||||||||
| 課税売上高 １2,000千円 | （うち 消費税 889千円） | |||||||||||||||||
| 課税仕入高 2,200千円 | （うち 消費税 163千円） | |||||||||||||||||
| 設備投資額 30,000千円 | （うち 消費税2,222千円） | |||||||||||||||||
| （単位：千円） | ||||||||||||||||||
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原則課税適用の場合は、設備投資を行ったＸ０年は、1496千円の還付を受けますが、Ｘ１年度は、逆に282千円多く納付することになります。しかし、２年の平均で見ると明らかに原則課税を選択する方が有利になります。
消費税の税額の計算方法は、事業者が選択した場合、原則２年間の継続適用が求められています。また、売上の課税、不課税、非課税、免税の区分によって、仕入税額控除の額が変わってくるなど、手続き、計算面での注意が必要となってきます。
その注意ポイントをまとめると以下のようになります。
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原則課税の場合、売上のすべてが課税売上げの場合には、仕入税額控除の全額が控除できますから、節税になりますが、サービス業の場合で、収入を得るための支出が給与という事業の場合は、逆に不利になります。それは、給与の支払いは、非課税仕入れとなっているからです。
結果として、納税額が増えてしまいます。
非課税仕入が多い業種（サービス業等）は、みなし仕入率が、実額の課税仕入の割合を上回るケースが見受けられますので、シミュレーションしてみることが必要です。
また、バブル崩壊後の景気変動や、規制緩和の動きの中で、業績不振や、分社化、営業譲渡等による業態の変化により、課税売上高が簡易課税の適用売上に該当するケースが増えています。これらのケースも、原則課税を適用し続けるのが最良の選択なのかを見直す必要があります
損害保険の代理店のようなサービス業のような場合には、給与（人件費）の支払いが主な原価となっていますから、簡易課税を選択することで消費税の納付額が減少し節税になります。
| 例） | 代理店収入2160万円、給与等1470万円、給与以外の経費648万円の場合 | |||||||||||||||||||||
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